أثار الباحث إسلام بحيري الكثير من الجدل بعد طرح مجموعة من الآراء في قضية التراث وضرورة تنقيحه، وفيما قابل البعض ما طرحه بحيري باستحسان، عارضه البعض الآخر بشدة، ووصل الأمر إلى بلاغات انتهت إلى حبس بحيري، ومنعه من الظهور في الإعلام، ووقف برنامجه.

وقضت الدائرة الثانية بمحكمة القضاء الإدارى، برئاسة المستشار سامي عبد الحميد، نائب رئيس مجلس الدولة وعضوية المستشارين مصطفى حبيشي وبهجت عزوز، بقبول الدعوى التي حملت رقم ٤٨٠٥٩ لسنة ٦٩، المقامة من شيخ الأزهر الدكتور أحمد الطيب وآخرين، المطالبة بوقف بث برنامج "مع إسلام"، الذى كان يقدمه الباحث إسلام بحيرى على فضائية "القاهرة والناس"، وحظر نشر حلقات البرنامج وإلزام السلطات بحظر بث حلقات البحيرى على الفضائيات.
ورفضت المحكمة طلب شيخ الأزهر بوقف قناة "القاهرة والناس"، ومنع ظهور بحيري بالفضائيات.
وقال شيخ الأزهر، فى دعواه، إن بحيرى اعتاد التطاول والهجوم على الشريعة الإسلامية والتراث الإسلامى، وتوجيه النقد غير المستند على دليل صحيح، والذى يفتقد إلى آداب الحوار واحترام العلماء، مستغلا حرية التعبير المكفولة دستوريا فى هدم تراث الأمة.
واجه بحيرى خلال الشهور الماضية هجوماً شديداً من مشايخ السلفية والأزهر فعاد ليؤكد أن أحاديث البخارى ليست خرافية، لكن ليس من حق شخص أن يجبر ملايين المسلمين على اختياراته التى استند إليها فى جمع الأحاديث.
يبرر بحيرى رأيه بأن الفقهاء لهم آراء لا يمكن تصديقها وليس لها علاقة بالنص، وأنه يسعى لتجديد الخطاب الدينى، وأن التابعين ليس لهم أى قداسة.
رفض بحيرى هجوم علماء الأزهر عليه معتبراً أن رأيه ليس هجوماً على ثوابت الدين والفقه الإسلامى، إلا أن القضاء حسم معركتهم بحبس بحيرى عاماً مع الشغل، لكنه لم يستسلم فبعث برسالة إلى هيئة القضاء قال فيها إن الأزهر تغول على الدين والتاريخ والدستور وحرية الفكر، بل وحتى على مؤسسات الدولة، ولكن كل محاولاته باءت بالفشل. على أن القصة كان لا بد لها من نهاية، إذ ورد اسم بحيرى فى قائمة المعفو عنهم بقرار رئاسى، فيما يمكن أن يعتبره مناصروه انتصاراً لحرية الرأى والتعبير، ومحاولات تجديد الخطاب الدينى التى كثرت المطالبات بها فى الفترة الأخيرة.
يقول بحيري: "الأزهر لم يواجه الأفكار الإرهابية، ولكن يشن حرب شعواء على المفكرين فقط"، واصفا بيانات الأزهر عقب الحوادث الإرهابية بالاعتيادية.

واتهم إسلام بحيري، قادة وإدارة الأزهر الشريف بالانتماء للإخوان، باستثناء الشيخ أحمد الطيب، مشيرا إلى أن الإرهابيون يعتمدون على أفكار كتب التراث في استباحة دماء المصريين، والأزهر لم يواجههم.
يرى إسلام بحيرى، أن كلمة "غزوة" ليس لها علاقة بالإسلام، لأن القرآن الكريم لا يوجد به هذه الكلمة على الإطلاق، مستشهدا بالآية الكريمة "ويوم حُنين"، ولكن تم اختراع كلمة غزوة وإلصاقها بالآية، مضيفًا "ربنا قال يوم حنين، وعمره ما قال غزوة بدر وغزوة حنين، ومغنى الغزة هو السير ليلا، لكن أنت وصلت بده  الإسلام الدموى وآية السيف ولغيت آيات التسامح، طيب انت زعلان ليه من داعش؟".
دافع مثقفون عن بحيري وقال الدكتور جابر عصفور، وزير الثقافة السابق، إن فكرة قيام الدكتور أحمد الطيب، شيخ الأزهر بصفته برفع دعوى قضائية، مخالف للدستور، ومحاولة لإقامة دولة دينية، قائلا: "شيخ الأزهر عندما يتدخل بصفته للحد من حرية مثقف حتى ولو كان يتحدث فى شأن دينى، فهذه مخالفة واضحة للدستور الذى ينص على حرية الرأى والاعتقاد فى حدود القانون المدنى وليس الدينى".  وأضا عصفور، أن شيخ الأزهر يحاول أن يجعل من المؤسسة الدينية سلطة دينية، فى حين أن الدين لا يعرف سلطة دينية له، مؤكدا أن المخطئ بشكل عام هو شيخ الأزهر وليس إسلام بحيرى.